프로티나 분석(26.10.07) — 단백질이 붙는 순간을 한 분자씩 세는 회사, 반기 매출 5.2억에 시가총액 4,966억

2026년 반기보고서(2026-08-14 제출)와 2026-10-07 종가 45,000원 기준입니다. 1차 출처는 DART 공시 원문이고, 증권신고서·투자설명서·사업보고서·반기보고서를 직접 읽었습니다. 주가는 일별 종가를 집계했고, 급변일은 공시와 하나씩 맞춰 봤습니다.

한눈에 보기 — 다섯 문장 요약

1. 프로티나는 단백질 두 개가 실제로 붙는 순간을 한 분자씩 세는 장비와 분석 서비스를 팝니다. 유전자나 단백질의 ‘양’을 재는 기존 도구와 달리 ‘상호작용’을 직접 보는 기술이고, 서울대 교수인 대표이사가 KAIST 시절 만든 원천기술 위에 서 있습니다.
2. 그런데 그 기술이 돈으로 바뀌는 속도가 멈췄습니다. 2026년 반기 매출 5.18억은 전년 동기 20.25억의 25.6%이고, 상장 당시 증권신고서가 제시한 2026년 추정 매출 148.4억의 3.5%입니다. 영업손실은 39.7억에서 86.7억으로 2.18배가 됐습니다.
3. 지금 이 회사의 주된 현금원은 고객이 아니라 정부입니다. 2026년 반기 손익에 반영된 정부보조금수익 17.17억은 같은 기간 고객 매출 5.18억의 3.3배입니다. 보건복지부·과학기술정보통신부 두 과제에서 배정받은 금액은 합계 286.35억이고, 둘 중 큰 쪽이 2027년 12월에 끝납니다.
4. 회사 스스로 가장 불리한 문장을 증권신고서에 적었습니다. “경쟁자가 없는 것은 기술 장벽 때문이 아니다”와 “상용화까지 최소 5~10년이 소요될 수 있다”가 투자위험요소에 그대로 있습니다. 시장이 이 회사의 우위로 꼽는 ‘경쟁자 부재’를 회사가 먼저 부인한 셈입니다.
5. 주가 45,000원은 작년 말 고점 111,800원의 40%지만, 공모가 14,000원의 3.21배이고 PBR 21.9배입니다. 시가총액 4,966억은 회사가 투자설명서에 “초기 주요 타겟”으로 적은 항체 최적화 분석 서비스 시장(연 8~10억 달러) 전체의 35~44%에 해당합니다.

1. 비즈니스 모델

프로티나가 파는 것은 세 가지입니다. 단백질 상호작용을 재는 장비와 칩(SPID Platform Systems), 검체를 받아 분석해 리포트를 돌려주는 용역(PPI PathFinder), 그리고 제약사가 가진 항체를 개량해 주는 용역(PPI Landscape)입니다.

과금 구조는 셋이 다 다릅니다. 장비는 1회성 판매이고, PathFinder는 검체 한 건당 비임상 3,000달러·임상 5,000달러의 건당 과금이며, Landscape는 프로젝트 단위 수수료입니다. 좌석제나 구독은 하나도 없습니다 — 반복 과금이 구조적으로 쌓이지 않는 형태입니다.

• PPI Landscape 항체 개량 용역56%
• PPI PathFinder 검체 분석 용역25%
• SPID Platform Systems 기기·칩19%

2026년 반기보고서 4.1 매출 현황 및 주석 30 영업부문 정보

이 도넛에서 읽어야 할 것은 비중이 아니라 순서가 완전히 뒤집혔다는 사실입니다. 1년 전만 해도 장비가 매출의 70%였고 지금은 19%입니다. 그 자리를 채운 Landscape는 반기 2.9억이라, 빠진 자리를 메우기엔 규모가 한참 작습니다.

고객 쪽은 더 날카롭습니다. 상위 4개 고객이 매출의 88.6%인데, 그중 2년 연속 10% 이상을 차지한 고객은 프랑스 법인 한 곳뿐입니다. 나머지 셋은 모두 2026년에 처음 등장했고, 반대로 2025년 반기의 1·2위 고객(7.68억·6.90억, 합계 비중 72.0%)은 2026년 반기 매출이 0원입니다.

2. 밸류체인 지도

후방은 단일 공급 의존이 거의 없는 대신, 전방이 극단적으로 좁습니다. 반복 고객이 사실상 한 곳입니다.

읽는 법은 간단합니다. 이 회사가 흔들려도 타격을 입는 쪽이 거의 없습니다 — 매출 규모가 작고 대체 가능한 분석 용역이라, 고객 입장에서 공급 중단 위험이 크지 않습니다. 반대로 고객 한 곳이 임상 일정을 미루면 이 회사 매출의 4분의 1이 사라집니다. 실제로 2024년에 17.0억이던 PathFinder가 2년 만에 1.31억이 된 것이 그 경로입니다.

그리고 밸류체인에서 가장 굵은 선은 고객이 아니라 정부입니다. 보조금 17.17억 대 고객 매출 5.18억, 즉 3.3배입니다. 자산 취득원가에서 차감된 1.82억까지 합치면 3.7배가 되는데, 이 글은 손익 기준으로 통일해 3.3배를 씁니다.

3. 경쟁 우위 진단

4. AI 영향

프로티나의 AI는 두 군데에 붙어 있습니다. 항체를 설계하는 쪽(AbGPT-3D)과 측정 데이터를 해석하는 쪽입니다. 그런데 정부 과제 2건의 과제명이 모두 ‘항체 설계’이고 관련제품이 PPI Landscape라서, 돈이 붙어 있는 AI는 설계 쪽 하나입니다.

이 구분이 중요한 이유는 프론티어 모델의 발달 방향과 맞물리기 때문입니다. 단백질 구조·결합 예측은 공개 모델이 가장 빠르게 밀고 들어온 영역이고, 회사도 이 위협을 투자위험요소에 적었습니다. 설계만 하는 AI는 대체 압력이 크고, 측정 장비와 묶인 AI는 그렇지 않습니다 — 실측 데이터를 만드는 쪽은 모델이 대신할 수 없기 때문입니다.

그래서 이 회사의 AI 포지션은 “측정으로 보호되는 설계”일 때 성립하고, “설계만”일 때는 취약합니다. 현재 공시가 보여주는 것은 후자에 가깝습니다. AbGPT-3D는 서울대 교수와 공동 개발했고, 그 교수가 최대주주인 신설 AI 법인에 회사가 34.2억을 넣었습니다(7번 섹션).

AI로 줄인 원가나 늘린 매출의 실측치는 공시에 없습니다. 기술이전·공동개발 수익이 0원이므로, 현재까지 AI가 만든 매출은 확인되지 않습니다.

5. 성장 실측

매출영업손실

원본 데이터 펼쳐보기원본 데이터 접기 — 매출과 영업손실

매출과 영업손실 원본 수치표

구분	2024 연간	2025 반기	2025 연간	2026 반기
매출	23.0억원	20.3억원	29.5억원	5.2억원
영업손실	-91.2억원	-39.7억원	-113.7억원	-86.7억원

2026년 반기 매출 5.18억은 전년 동기의 25.6%입니다. 그리고 상장 당시 증권신고서가 제시한 2026년 추정 매출 148.4억 기준으로는 3.5%입니다. 2025년도 추정 대비 55.5% 미달이었으므로, 미달 폭이 해마다 커졌습니다.

무너진 경로는 명확합니다.

회사는 이것을 “성장 둔화가 아닌 전략적 전환”이라고 설명합니다. 그 주장과 방향이 맞는 증거도 있습니다 — Landscape가 유일하게 성장했고, Pi-Chip384 가동률은 50.2%로 신형 칩 쪽은 돌아가고 있습니다. 하지만 전환의 성과로 기대되는 기술이전·공동개발 수익은 0원입니다. 전환이 진행 중인지, 전환이라는 말로 설명하고 있는 것인지는 2026년 3분기 보고서의 수주현황 표에서 갈립니다.

6. 경쟁 지도

“경쟁자가 없다”는 서사는 이 회사에서 성립하지 않습니다. 회사가 먼저 부인했기 때문입니다. 최근 1년간 실제로 이긴 계약과 진 계약을 비교할 자료는 공시에 없습니다 — 계약 건수 자체가 적고, 경쟁 입찰 결과는 공시 대상이 아닙니다.

7. 경영진·오너십

윤태영 대표이사(1976년 2월생)는 서울대 전기전자제어공학으로 학·석·박사를 마친 뒤 물리학으로 옮겨 KAIST에서 영년직을 받은 연구자입니다. 일리노이주립대와 하워드휴즈의학연구소 박사후연구원을 거쳐 2007년 KAIST 물리학과 조교수로 부임했고, 프로티나의 핵심기술인 SPID 플랫폼 원천기술은 그가 KAIST에 있던 2007~2016년에 개발됐습니다. 회사는 2015년 8월 5일 KAIST 교원창업으로 설립됐는데 당시 그는 대표이사가 아니었고, 2020년 5월에 취임했습니다. 2017년 3월부터 서울대 생명과학부 정교수로 재직 중이며 이 겸직은 현재도 유지됩니다. 2026년 3월 정기주주총회에서 임기 3년으로 재선임됐습니다.

특이점 — 이해상충이 세 층으로 쌓여 있습니다

① CEO 겸직기관에 회사가 연구비를 지급하고, 그것을 ‘경영진 보상’으로 공시합니다. 특수관계자 주석의 ‘주요 경영진에 대한 보상’ 표에 기타비용 항목이 있고, 각주가 “대표이사의 겸직기관인 서울대학교 산학협력단과 공동연구 관련하여 제공하는 연구비”라고 명시합니다. 2024년 3.00억에서 2025년 5.87억(1.96배), 2026년 반기 2.71억으로 누적 약 11.6억입니다. 같은 기간 이사·감사 전체 보수총액이 7.19억(2024)·8.34억(2025)이었으므로 등기임원 전체 보수의 70% 규모입니다. 회사는 회계적으로 경영진 보상 성격을 인정한 셈인데, 같은 주석이 “특수관계자 거래내역은 없습니다”라고도 적습니다.

② 국책과제에 회사와 서울대 연구팀이 동시 당사자입니다. 과학기술정보통신부 ‘클라우드 기반 AI 항체은행’ 과제(정부출연금 150억, 2024-04~2026-12)를 투자설명서는 “서울대학교 윤태영 교수 연구실과 함께”로, 사업보고서는 “백민경 교수 및 정준호 교수 연구팀과 공동”으로 기재합니다. 공시 간 표기가 다릅니다. 과제 성과물의 특허 귀속과 기술료 배분이 어떻게 결정되는지 확인할 수 있는 자료는 공개돼 있지 않습니다.

③ 공동연구 교수가 최대주주인 신설법인에 자기자본의 12.05%를 넣었습니다. 2026-07-14 이사회 결의로 에이비엑스바이오사이언시스 주식 5,700주를 34.2억원(주당 60만원)에 취득했습니다. 상대방은 2026년 신설법인으로 자본금 1,000만원, 주요사업이 ‘신약설계 AI개발’이고, 공시 원문에 “2026년 신설법인인 사항으로 재무정보는 생략합니다”라고 적혀 자산·부채·매출·순손익이 전부 공란입니다. 공시가 밝힌 상대방 최대주주는 백민경 교수(3,700주, 18.5%)이고, 그는 사업보고서 본문에 “서울대학교(백민경 교수)와 공동 개발한 항체 설계 AI인 AbGPT-3D”로 기재된 인물입니다. 취득 후 프로티나 지분은 26.66%입니다. 그런데 공시의 ‘최대주주·임원과 상대방과의 관계’ 항목은 ‘없음’으로 기재됐습니다 — 형식상 특수관계자 거래가 아닙니다.

주당 60만원에 발행주식 20,000주를 곱하면 회사 전체 평가액이 120억원입니다. 자본금 1,000만원으로 당해년도에 설립됐고 재무정보가 공란인 회사입니다.

공언 대비 이행

내부자 지분과 매매. 상장 후 내부자 장내 매도 공시는 확인되지 않았습니다. 차등의결권은 없습니다. 보호예수는 상장일 31.49%에서 3개월 뒤 75.94%까지 단계적으로 풀렸는데, 그 구간에 주가는 17,550원에서 56,800원으로 올랐습니다 — 해제가 하락을 만들었다는 설명은 이 종목에서 성립하지 않습니다.

이사회는 사외이사 2인(하버드 의대 교수, 서울대 수의대 명예교수)과 감사 1인(김앤장 법률사무소 재직)으로 구성됩니다. 진단·장비 상업화 경력을 가진 이사는 확인되지 않습니다.

8. 주주환원·재무 체력

주주환원은 없습니다. 배당·자사주 매입 이력이 없고, 적자 기업이므로 당연합니다.

재무 체력은 겉보기와 실제가 다릅니다. 현금및현금성자산만 보면 20.9억이지만, 단기예금 142.5억과 머니마켓펀드(MMF) 30.3억을 더한 총유동성 193.7억이 실제 가용 자금입니다. 차입금은 0원이고, 이건 이 회사의 가장 깨끗한 축입니다.

런웨이는 지분 취득 차감 후 약 16.2개월로, 2027년 4분기에 소진됩니다. 정부 과제가 끝나면 세전손실이 연 34.3억 악화되고 런웨이는 12.6개월로 줄어듭니다.

다만 여기에 중요한 단서가 있습니다. 보조금 수익 17.17억과 연구비 지출 19.0억이 대응 관계라서, 연구를 중단하면 세전손실은 거의 변하지 않습니다(반기 1.8억 개선). 즉 정부 과제 종료는 현금 문제가 아니라 파이프라인 문제입니다. 돈이 끊기는 게 아니라 연구를 못 하게 되는 쪽입니다.

공모자금 216.3억 중 2026-06-30까지 집행된 금액은 22.6억(10.4%)이고, 계획(81.9억) 대비로는 27.6%입니다. 2순위 항목인 미국 CLIA 검사실 확장 25억은 미집행인데, 계획에 없던 에이비엑스 지분 34.2억은 7월에 집행됐습니다. 참고로 상장 전 사모로 받은 165.4억은 계획과 실제가 일치했습니다.

9. 이익의 질

이익의 질 자체는 높습니다. 적자 기업에서 흔한 분식 경로가 거의 다 비어 있습니다.

• 개발비 자산화 0원 — 연구개발비를 전액 당기 비용으로 처리합니다. 무형자산 5.15억은 전부 특허·상표·소프트웨어·회원권입니다.
• 손상 이력 없음, 감사의견 4년 연속 적정, 기재정정 0건입니다.
• 영업손실 86.7억과 영업현금흐름 -43.0억의 격차 43.7억을 현금흐름표 원문으로 전액 분해했습니다 — 39.3%가 정부보조금수익 17.17억, 28.8%가 비현금 비용, 14.6%가 일회성 운전자본입니다.

문제는 다른 데 있습니다.

감사인 교체 첫해에 핵심감사사항이 지정됐습니다. 삼일(지정)에서 삼화(자유선임)로 바뀐 첫 회계연도에 ‘제품매출수익의 발생사실 및 기간귀속’이 핵심감사사항으로 올랐습니다. 2025년 매출의 70.3%가 SPID 장비이고 이 부문만 추정치를 44.5% 초과 달성했던 것과 겹칩니다. 적정의견이므로 왜곡이 발견된 것은 아닙니다 — 감사인이 가장 주의해서 본 영역이 어디였는지를 알려 주는 표시입니다.

회사 설명과 숫자가 안 맞는 건도 하나 있습니다. 2025년 영업손실이 추정보다 54.2억 나빠진 원인으로 회사는 “기술료충당부채 설정”을 들었는데, 비유동충당부채는 810만원만 늘었습니다. 실제 원인은 경상연구개발비 16.4억 증가와 판관비 6.9억 증가입니다.

그리고 상장 전 숫자를 영업 실적으로 읽으면 안 됩니다 — 2023년 세전손실 227.9억 중 136.1억이 전환우선주 파생상품평가손실이고, 상장으로 보통주 전환돼 2025년부터 사라졌습니다.

10. 리스크

리스크 1 — 현금 소진. 계기판은 총유동성 193.7억과 반기 영업현금흐름 -43.0억입니다. 지분 취득 차감 후 런웨이 16.2개월(2027년 4분기), 정부 과제 종료 반영 시 12.6개월입니다. 먼저 꺾이는 숫자는 3분기 보고서의 미사용자금 운용내역 — 만기 2026년 8월이던 단기예금 142.5억과 정기예금신탁 102.5억의 재예치 여부입니다.

리스크 2 — 기술특례 관리종목 요건. 유예 구조를 상장규정 조문만 읽으면 틀립니다. 거래소 해설서 기준으로 정리하면 이렇습니다.

가장 위험한 것은 세전손실 요건입니다. 유예가 끝난 뒤에는 자기자본 대비 비율이 아니라 절대금액 10억원 기준이라, 증자를 해도 회피되지 않습니다. 반면 자기자본 요건은 증자로 즉시 해소됩니다. 참고로 2025년 매출 29.51억은 이미 30억 기준에 4,908만원 미달인데 유예 중입니다.

리스크 3 — 수요 전환이 멈춘 것. 계기판은 미국 A사 2차 작업지시서의 진척률입니다. USD 85만·검체 180개가 2025-09-11에 착수됐는데 9개월간 수취액이 0원입니다. 수익 인식 기준이 “고객에게 연구리포트가 제공된 시점”이라고 회사가 직접 적었으니, 리포트가 사실상 나가지 않았다는 뜻입니다.

계약 구조도 정확히 알아야 합니다. 포괄서비스계약(MSA)은 금액이 붙지 않는 발주 창구이고, 돈은 작업지시서(SOW)에 붙습니다. 회사가 사업보고서에 “전체 계약금액의 한도는 명시되어 있지 않습니다”라고 직접 적었습니다. 그래서 미국 A사의 2026-10-11은 “계약이 끝난다”가 아니라 “별도 계약 없이 신규 발주를 받는 창구가 닫힌다”입니다. 진행 중인 2차 작업지시서는 2028-12-31까지입니다. 다만 포괄계약 만료 시 기존 작업지시서의 효력을 규정한 조항은 어느 공시에도 공개되지 않았습니다 — 존속 여부는 확정할 수 없습니다.

한국 SE사는 반대입니다. 2026-11-17에 포괄계약이 끝나고 진행 중인 작업지시서가 없습니다(유일한 건이 2025-10-31 종료). 여기서는 용역 쪽이 실제로 비게 됩니다. 단 2026-07-09 체결한 기술이전 옵션 계약이 2027년 말까지 남아 관계 자체가 끊기는 것은 아닙니다.

11. 주가 사건 연대기

기업 행동 (분할·증자·편입 등)하루 +10% 이상하루 -10% 이상

원본 데이터 펼쳐보기원본 데이터 접기 — 상장 후 289거래일 — 공모가 14,000원에서 고점 111,800원, 그리고 45,000원

상장 후 289거래일 — 공모가 14,000원에서 고점 111,800원, 그리고 45,000원 원본 수치 (원) — 차트는 로그 스케일

시점	주가 (원)
2025년 7월	17,550
2025년 7월	13,800
2025년 8월	17,500
2025년 9월	45,500
2025년 10월	56,800
2025년 12월	111,800
2026년 3월	62,000
2026년 5월	34,000
2026년 7월	16,410
2026년 9월	53,700
2026년 10월	45,000

상장 후 289거래일 — 공모가 14,000원에서 고점 111,800원, 그리고 45,000원 사건 설명

시점	유형	사건	설명
2025년 7월	기업 행동	코스닥 기술특례 상장	공모가 14,000원으로 희망범위(11,000~14,000원)의 상단입니다. 수요예측 경쟁률 1,199대 1, 일반청약 1,798대 1에 증거금 약 9.45조원. 상장일 종가 17,550원으로 공모가 대비 +25.4%.
2025년 7월	급락일	공모가 붕괴	3거래일 만에 13,800원으로 공모가를 밑돌았습니다. 공모 배정 기관 중 의무보유 미확약 물량이 54.31%였습니다.
2025년 10월	기업 행동	유통물량 75.94%로 확대	보호예수가 상장일 31.49%에서 3개월 만에 75.94%까지 풀렸는데 주가는 17,550원에서 56,800원으로 올랐습니다. 해제가 하락을 만들었다는 설명은 성립하지 않습니다.
2025년 12월	급등일	고점 111,800원 — 공모가 7.99배	장중 120,100원으로 공모가의 8.58배까지 갔습니다. 당시 PSR은 FY2024 매출 기준 528배였습니다.
2026년 3월	급락일	FY2025 실적 공시	매출 29.51억으로 추정 66.3억의 44.5%, 영업손실 113.7억. 추정 대비 미달이 처음 숫자로 확인됐습니다.
2026년 7월	급락일	52주 저가 16,410원	고점 대비 -85.3%입니다. 장중 15,500원까지 갔습니다.
2026년 8월	급락일	반기 매출 5.18억 공시	매출이 전년 동기의 25.6%로 확인됐고 영업손실은 2.18배가 됐습니다.
2026년 9월	급등일	두 달간 3.27배 반등	16,410원에서 53,700원까지 올랐습니다. 이 구간에 대응하는 DART 공시는 확인되지 않았습니다.

로그 스케일입니다. ±10% 이상 급변일 43건을 공시와 하나씩 맞춰 본 결과 원인이 확인된 것은 7건(16.3%)뿐입니다.

±10% 이상 급변일

나머지 29건은 전부 원인 미확인입니다. 전체 43건 중 확인 7건(16.3%)·미확인 36건(83.7%)이고, 공시가 전혀 없는 2026-08-26~10-07 구간에 급변일이 6건 있습니다.

연대기에서 가장 중요한 발견은 설명이 안 되는 날이 압도적으로 많다는 것입니다. 특히 2026년 8~9월에 두 달간 3.27배 오른 구간에는 DART 공시가 0건입니다.

그리고 2026년 상반기 매출이 급감한 원인은 보호예수가 아니라 고객 소멸입니다. 2025년 상반기 1·2위 고객 14.576억(비중 72.0%)이 0원이 되어 반기 매출 감소액의 96.7%를 설명합니다.

12. 매출원가

반기 매출원가는 2.23억이고 매출총이익률은 56.9%입니다. 그런데 이 숫자를 마진으로 읽으면 안 되는 이유를 9번에서 봤습니다. 원가 구조에서 실제로 일어난 일은 이렇습니다.

2025년에 생산능력을 2.8배 늘리는 자동화 설비를 깔았는데 가동률은 반대로 내려갔습니다. 투자와 수요가 반대 방향으로 갔다는 뜻이고, 그 결과가 칩 한 장당 고정비 2.87배입니다. 설비는 손익분기 필요 물량의 2.4~4.6배 여유가 있으므로, 이 회사의 병목은 설비가 아니라 수요입니다.

손익분기에 필요한 매출은 271~315억원입니다. 현재 매출(반기 5.18억)의 26~30배이고, 임상검체 기준으로는 연 3,920~4,560건입니다. 현재 PathFinder는 연율 약 38건입니다.

13. 밸류에이션

적자이므로 전통 배수는 대부분 쓸 수 없습니다. 어느 분모가 왜 맞는지를 먼저 표로 정리합니다.

기준별 판정표

이후 본문 배수 서술은 PBR 21.9배 하나로 통일합니다(네이버 금융 교차검증 21.79배).

상장 이후 전 구간 밴드

5년 밴드는 상장 1년 2개월이라 만들 수 없어, 상장 이후 전 구간(289거래일)으로 대체했습니다. 일별 종가에 그 시점의 최신 공시 주식수를 곱하고 그 시점의 최신 공시 분모로 나눴습니다 — 투자자가 당시 실제로 볼 수 있었던 값입니다.

PSR 밴드는 이 종목을 재는 데 쓸 수 없다는 증거 그 자체입니다. 2026-08-14 이후 구간의 평균 PSR 285배는 2026년 3~5월 구간 평균 230배보다 높은데, 그 사이 주가는 반토막이 났습니다. 주가가 내려간 것보다 분모인 매출이 더 빨리 녹았기 때문입니다.

공모 시가총액은 1,509.8억이었고, 현재 4,965.8억은 그 3.29배입니다.

지금 가격이 정당화되려면

시가총액 4,965.8억(45,000원 × 11,035,208주)을 기준으로 역산합니다. 법인세 22%, 증자 없음을 가정했습니다 — 반기 영업 소진이 -43.0억이므로 증자 없음은 낙관적 가정입니다.

지금 가격이 ‘PER 20배대’로 보이려면 매출 1,000억에 영업이익률 30%가 필요합니다. 현재 반기 매출 5.18억의 약 100배이고, 손익분기 매출(271~315억)의 3배 이상입니다.

그리고 이 글에서 가장 중요한 숫자 하나를 여기 둡니다. 회사가 투자설명서에 “초기에는 항체 최적화 분석 서비스 시장을 주요 타겟으로 삼는다”고 적었고, 그 시장 규모를 2024년 8~10억 달러로 기재했습니다. 현재 시가총액 4,965.8억은 1,400원 환율로 약 3.55억 달러이므로, 회사가 지목한 1차 타겟 시장 전체의 35~44%입니다.

회사 예측의 내부 정합성

증권신고서의 2027년 예측에는 숫자가 서로 안 맞는 부분이 있습니다. 현 매출총이익률 56.9%와 판관비 연 179.3억을 적용하면 손익분기 매출이 약 315억인데, 회사 예측 2027년 매출은 322억입니다. 그런데 같은 예측의 영업이익은 99.7억입니다. 이 둘이 동시에 성립하려면 판관비를 46.6% 줄이거나 매출총이익률을 86.6%로 올려야 합니다.

상승 논거와 하락 논거

상승 쪽 — 1차 작업지시서를 검체 72개로 완주해 USD 50만을 전액 받았으므로 기술과 레퍼런스는 실재합니다. 차입금 0원에 총유동성 193.7억이고, 개발비 자산화 0원으로 회계가 깨끗합니다. Landscape가 유일하게 성장 중이고 신형 칩 가동률은 50.2%입니다. 보건복지부 과제 136.35억이 2027년 말까지 연구를 받쳐 줍니다.

하락 쪽 — 매출이 추정치의 3.5%이고 반복 고객이 한 곳뿐입니다. 회사가 “경쟁자 부재는 기술 장벽 때문이 아니다”와 “상용화까지 최소 5~10년”을 직접 적었습니다. 주된 현금원이 고객이 아니라 정부(3.3배)이고, PBR 21.9배는 같은 일을 하는 퀀테릭스(0.76배)의 약 29배입니다. 시가총액이 회사가 지목한 1차 타겟 시장의 35~44%입니다.

애널리스트 목표가는 커버리지가 확인되지 않았습니다. 저장소의 컨센서스 스냅샷에도 프로티나 항목이 없습니다 — 국내 컨센서스는 대형주 중심이라 이 종목은 컨센서스 미수록입니다.

14. 큐리옥스바이오시스템즈와의 비교

같은 날 큐리옥스바이오시스템즈를 나란히 분석했습니다. 둘은 같은 제도로 상장한 한국 생명과학 도구 기업이고, 측정 체인에서 서로 다른 층에 있습니다 — 큐리옥스는 측정 ‘전’ 단계인 세포 전처리, 프로티나는 측정 그 자체입니다.

가장 큰 차이는 매출이 꺾인 시점입니다. 큐리옥스는 상장 전년이 매출 정점이고 그 뒤 2년 연속 줄었습니다. 프로티나는 상장 다음 해에 꺾였습니다. 상장 심사 시점에 이미 꺾이고 있었는지, 상장 후에 꺾였는지는 제도 쪽 질문으로 넘어가는 차이입니다.

가장 큰 공통점은 회계가 깨끗하다는 것입니다. 둘 다 개발비 자산화가 0원이고 손상 이력이 없습니다. 한국 기술특례 기업에서 흔한 ‘개발비를 자산으로 쌓아 적자를 줄이는’ 경로를 둘 다 쓰지 않았습니다. 다만 큐리옥스는 영업권 287.5억이 자본의 58.7%를 떠받치고 있어 다른 종류의 위험이 있습니다 — 감사인이 2년 연속 핵심감사사항으로 지정했고, 40억 이상 손상되면 관리종목 요건이 2027년 3월에 바로 충족됩니다.

생명과학 도구를 더 넓게 보려면 일루미나·10x 지노믹스·트위스트 바이오사이언스 분석과 함께 보시면 같은 체인의 어느 층이 이미 돈을 벌고 어느 층이 아직 못 벌고 있는지가 드러납니다. 체인 전체를 층으로 갈라 본 것은 AI 신약 9층 지도에 있습니다.

15. 판정

기술은 실재하고, 가격은 그 기술이 아직 하지 않은 일을 사고 있습니다.

실재의 근거는 명확합니다. 1차 작업지시서를 검체 72개로 완주해 USD 50만을 전액 받았고, 차입금 0원에 개발비 자산화 0원으로 회계가 깨끗하며, 정부가 두 과제에 286.35억을 배정했습니다. “기술이 안 되는 회사”는 아닙니다.

문제는 전환입니다. 2차 작업지시서는 착수 9개월간 수취액 0원이고, 반복 고객은 한 곳뿐이며, 2025년 ‘사상 최대 매출’은 장비 두 대의 단발 판매였습니다. 손익분기까지 매출 26~30배가 필요하고, 그 물량은 연 3,920~4,560 검체인데 현재는 연율 38건입니다. 되는데 안 팔리고 있는 상태이고, 그 상태가 2년째입니다.

그리고 이 회사를 평가하는 데 가장 불리한 문장을 회사가 직접 적었습니다. “경쟁자가 없는 것은 기술 장벽 때문이 아니다”와 “상용화까지 최소 5~10년이 소요될 수 있다”입니다. 시장이 우위로 꼽는 것을 회사가 먼저 부인했는데, 가격은 그 우위를 PBR 21.9배로 사고 있습니다 — 같은 일을 하는 퀀테릭스가 0.76배입니다.

지켜볼 숫자는 세 개입니다.

1. 2026년 3분기 보고서(11월 제출)의 수주현황 표 — 미국 A사 2차 작업지시서의 누적 수취액이 0원에서 움직였는지. 가장 값싸고 가장 결정적입니다.
2. 같은 보고서의 미사용자금 운용내역 — 만기 2026년 8월이던 단기예금 142.5억의 재예치와 에이비엑스 34.2억의 실제 집행.
3. 2027년 상반기까지 2차 작업지시서 누적 인식액이 3억원을 넘는지 — 이 선을 넘지 못하면 “전환 중”이라는 설명은 유지되기 어렵습니다.

이해상충 세 층(겸직기관 연구비 11.6억, 국책과제 동시 당사자, 공동연구 교수 회사에 34.2억)은 그 자체로 위법의 증거가 아닙니다. 다만 세 건 모두 공시 문서 안에 흔적이 남아 있는데 회사가 “이해상충 가능성은 없는 것으로 확인됩니다”라고 단정했다는 점은 기록해 둘 만합니다. 같은 문서가 “내부 정보 유출, 경영 집중도 저하, 경영의 투명성 및 독립성 훼손 위험”을 투자위험으로 적고 있습니다.

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1차 출처 — 반기보고서 rcept 20260814001510 / 사업보고서 20260320001240 / 투자설명서(기재정정) 20250716000126 / 증권발행실적보고서 20250723000351 / 단일판매·공급계약 20250917900178 / 타법인 주식 취득 결정 2026-07-14 / 기술이전 옵션 계약 2026-07-09 / 매출액또는손익구조 30% 이상 변동 20260313900343 / 정기주주총회 결과 20260330902074

2차 출처 — 네이버 금융 PBR 교차검증(21.79배, 2026년 6월 기준). 주가는 일별 종가를 직접 집계했습니다.

확인하지 못한 것 — 미국 A사 포괄계약 만료 시 기존 작업지시서의 효력 조항(어느 공시에도 공개되지 않음), 보조금 17.17억의 정확한 회계 귀속(같은 보고서의 두 표가 엇갈립니다. 다만 어느 경로든 세전손실 민감도는 같습니다), 2026년 반기 퇴직급여 6.4억이 전년 동기의 7.6배가 된 이유(주석에 설명 없음), 에이비엑스의 재무정보(공시에 전부 공란), 급변일 43건 중 35건의 원인.